הישיבה מתנהלת בהתאם להוראות והדרכות רבותינו נשיאנו לישיבות תומכי תמימים בימים ההם ובזמן הזה, ומתייחדת בכך שמעמידה את תלמידי התמימים על דרך המלך בשיטת החינוך המשפחתי. בשיטה זו אנו מביטים על כל תלמיד במשקפיים של אבא ואמא, ומבעד לאספקלריא מאירה זו מדריכים אותו אל דרך האמת והישר, דרך התורה והמצוה.

לשיטת החינוך המשפחתית יש משמעויות מעשיות רבות. מהן:

(א) המטרה העליונה של הישיבה היא - היות הישיבה בית חם ומואר המעמיד תלמידים בריאים בגופם ובנפשם ומקיימים תורה ומצוות מתוך שמחה ותענוג, מוצאים את המקום בנפשם בו הם מתקשרים ומתחברים לקב"ה, למשה עבדו, וממילא - אף לעצמם.

מטרה זו מושגת באמצעות המטרה השניה - היות הישיבה בית תלמוד המעמיד תלמידים תלמידי חכמים ולמדנים כפשוטו אשר התורה היא חייהם ובה יהגו יומם ולילה.

(ב) הדרכתו של החכם מכל האדם "חנוך לנער על פי דרכו" והכרה בכך שאין פרצופיהם שווים ואין דעותיהם שוות, ומתוך כך - השקעה רבה במחשבה דיבור ומעשה על מנת ליצור עבור כל תלמיד ותלמיד תוכנית לימוד המותאמת לנפשו והכשרונות בהם התברך.